企业建立刑事合规计划是否真的能达到减少犯罪的目的，是理论争议的首要问题。持支持说的学者认为，在白领犯罪( White-collar Crime) 的类别当中，违反法律的人通常具有较高的知识水平，对于刑罚的结果有足够的预期，然而由于受潜在利益的驱使，存在认为犯罪不会被发现的侥幸心理，在功利的思维下选择从事犯罪行为。
因此，最好的犯罪预防方法就是增加犯罪行为被发现的概率，使得有犯罪可能性的人主动选择放弃。企业犯罪是白领犯罪中的一种，企业合规计划使得公司内部的犯罪行为更加难以隐藏，因为调查和监督的人由外部的司法人员转为企业内部的合规官，这些合规官对于公司员工和领导层的行为模式更加清楚，使得犯罪行为更易被发现，一些边缘化的犯罪行为也更容易被遏制，总体上有利于减少企业相关犯罪。然而，持否定说的学者认为，没有实证研究能够证明企业合规计划确实能够改变员工的行为模式，其只是企业用来应付司法机关的工具，不具有减少犯罪的实际作用。
由于合规计划的发展历史仍然较短，该理论争议持续存在，实践中多数现代国家采纳了支持说的观点，信任刑事合规计划带来的社会效益，积极推进企业自主建立刑事合规计划。 有效企业合规计划的内容和评价标准是学术界争议的另一个焦点。有许多学者认为，企业合规计划固然应当有效，但是当前合规计划的内容和评判标准设计不当，导致了实践的失效。
也有观点认为，当代的合规计划存在过度刑事化的问题，由于企业合规计划的建立基本依靠刑事法律的外部推 动，企业合规计划的内容实际上就是模仿刑事立法、司法和审判的过程，员工们对计划本身不信服、不认同，这给犯罪行为“合理化”的心理过程留有了空间。因此，比起构建刑事化的合规计划，更应该督促员工们通过案例分析、匿名咨询等方式交流什么是合规，让他们真正地理解为什么要遵守这些规则， 进而真正形成内心认同感，消除“合理化”的犯罪心理产生的可能性，改变自己的行为模式。
还有观点认为，当前的评价方式过分依赖办案人员的主观判断，应该以实证数据为基础，建立更为科学的计 算公式，对企业合规计划的有效性进行客观评判。
总体而言，当前的刑事合规计划模式存在哪些问题、应当如何修改，理论界未有共识，但是批判的声音未能阻挡企业刑事合规制度的实践发展。
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